《植物生理学报》 2007, 43(6): 1025-1030

丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2 的生物信息学分析

曹晓燕^1,2，刘丛玲²，王喆之^1,2,*

1 药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室，西安710062；2 陕西师范大学生命科学学院，西安710062

通信作者：王喆之；E-mail: zzwang@snnu.edu.cn；Tel: 029-8531026

摘　要：

对丹参 cDNA 文库的表达序列标签(EST)序列进行 BLAST 分析显示，其中一条序列与病程相关蛋白基因 STH-2 有 较高的同源性。该序列全长 691 bp，包含 1 个长 483 bp 的开放阅读框(ORF)，编码 160 个氨基酸，命名为 SmSTH-2。生 物信息学分析显示：SmSTH-2 所编码蛋白的分子质量为 17 990 Da，等电点为 5.15，富含谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨 酸，无信号肽，属于稳定类蛋白。与 NCBI 注册的其他 6 种植物来源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在42%~46% 之间。实时荧光定量 PCR 的方法检测丹参不同组织部位中 SmSTH-2 表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的 结果表明：SmSTH-2 在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达，其表达丰度为根>叶>茎；丹参叶片接种黄瓜细菌性角 斑病病原菌后，4 d 内可诱导该基因的表达量持续增加。用 PCR 方法从基因组水平克隆到 SmSTH-2 的 DNA 序列，测序表 明 SmSTH-2 的编码序列在 DNA 水平上含有一个 71 bp 的内含子，DNA 序列注册号为 EF621486。

关键词：病程相关蛋白；丹参；实时荧光定量PCR；生物信息学

收稿：2007-07-05   修定：2007-09-24

资助：国家“十一五”科技支撑计划项目(2006BAI06A12-04)。

丹参中病程相关蛋白基因SmSTH-2 的生物信息学分析

曹晓燕^1,2，刘丛玲²，王喆之^1,2,*

1 药用植物资源与天然药物化学教育部重点实验室，西安710062；2 陕西师范大学生命科学学院，西安710062

Corresponding author: ; E-mail: zzwang@snnu.edu.cn; Tel: 029-8531026

Abstract:

对丹参 cDNA 文库的表达序列标签(EST)序列进行 BLAST 分析显示，其中一条序列与病程相关蛋白基因 STH-2 有 较高的同源性。该序列全长 691 bp，包含 1 个长 483 bp 的开放阅读框(ORF)，编码 160 个氨基酸，命名为 SmSTH-2。生 物信息学分析显示：SmSTH-2 所编码蛋白的分子质量为 17 990 Da，等电点为 5.15，富含谷氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丝氨 酸，无信号肽，属于稳定类蛋白。与 NCBI 注册的其他 6 种植物来源的病程相关蛋白基因编码的氨基酸序列的同源性在42%~46% 之间。实时荧光定量 PCR 的方法检测丹参不同组织部位中 SmSTH-2 表达和病原菌对该基因诱导表达的影响的 结果表明：SmSTH-2 在植物的根、茎、叶中均有不同程度的表达，其表达丰度为根>叶>茎；丹参叶片接种黄瓜细菌性角 斑病病原菌后，4 d 内可诱导该基因的表达量持续增加。用 PCR 方法从基因组水平克隆到 SmSTH-2 的 DNA 序列，测序表 明 SmSTH-2 的编码序列在 DNA 水平上含有一个 71 bp 的内含子，DNA 序列注册号为 EF621486。

Key words: 病程相关蛋白；丹参；实时荧光定量PCR；生物信息学